O subsolo da catedral de Santa Maria del Fiore esconde outro tesouro. A igreja de Santa Reparata. Escavações arqueológicas feitas na década de 60 descobriram a igreja que antecedeu a catedral.
Entre os vários achados arqueológicos está o túmulo do arquiteto da cúpula, Filippo Brunelleschi.
Outros túmulos também foram encontrados no local.
Com a ascensão de Florença no século 13, os patronos da cidade iniciaram o projeto de uma nova igreja que ostentasse o poder político e econômico da cidade. E assim, Santa Reparata ficou esquecida até algumas décadas passadas, quando a antiga igreja cristã foi descoberta. A visita à cripta está inclusa no ingresso.